在CSDN这篇文章里面搜索到相关的问题，但是原文中的版本号不太适合日益变化的SQLITE，其实我们只需要修改一下就可以兼容所有的版本了：

<system.data>
    <DbProviderFactories>
      <remove invariant="System.Data.SQLite"/>
      <add name="SQLite Data Provider" invariant="System.Data.SQLite" description=".Net Framework Data Provider for SQLite" type="System.Data.SQLite.SQLiteFactory, System.Data.SQLite,Culture=neutral, PublicKeyToken=db937bc2d44ff139" />
    </DbProviderFactories>
  </system.data>


主要是把原文中的版本号设置去掉即可。
最后，别忘了把相关DLL放到BIN目录。